使用 HILICpak VN-50 2D 对合成寡核苷酸 DNA 10mer、20mer、30mer、40mer 和 50mer 进行 HPLC 分析。在此分析条件下，寡聚 DNA 按聚合度升序洗脱，通过实验证实改变梯度条件可以改善长链寡核苷酸 DNA 的分离。在此条件下，不需要离子对试剂，也不需要向流动相中添加高浓度盐，可以在简单的流动相条件下进行寡核酸的分析。
Sample : 0.02 mg/mL each (in H2O), 1 μL
1. Synthesized oligo-DNA 10mer(crude),TTCTTCGGAA
2. Synthesized oligo-DNA 20mer(crude),CTTCTCATGGTTCTTCGGAA
3. Synthesized oligo-DNA 30mer(crude),TGTTGTCATACTTCTCATGGTTCTTCGGAA
4. Synthesized oligo-DNA 40mer(crude),CCACACCGGCTGTTGTCATACTTCTCATGGTTCTTCGGAA
5. Synthesized oligo-DNA 50mer(crude),GACAACAGCCCCACACCGGCTGTTGTCATACTTCTCATGGTTCTTCGGAA
Column : Shodex HILICpak VN-50 2D (2.0 mm I.D. x 150 mm)
Eluent : (A)50 mM HCOONH4 aq. (pH9.8)/(B) CH3CN
Linear gradient ;
(a) 60 % B (0 min) to 50 % B (10 to 20 min) to 60 % B (20.01 to 25 min)
(b) 65 % B (0 min) to 45 % B (10 to 20 min) to 65 % B (20.01 to 25 min)
Flow rate : 0.2 mL/min
Detector : UV (260 nm) (small cell volume)
Column temp. : 40 ℃